机构设置：

一、  秘书处：由常务副会长兼秘书长负责，是本会的执行机构，负责本会的日常工作和会员发展、配合和协调专业部门的工作开展，执行本会各项规章制度。负责本会召开的会议、活动计划的研究、制定和有关实施工作。 

二、  融资及监管部：由分管常务副会长负责，了解、掌握会员企业投资经营状况、发展需要的信息工作; 建立与维护商会诚信系统。对会员企业重大项目进行托管和投资监管。 为会员企业搭建融资平台，协助企业做好融资担保，并进行过程监管等工作。  

三、  招商及产业转移部：由分管常务副会长负责，负责为连云港市及各县（市）、区政府招商引资提供信息、项目论证、可行性分析，促成和达成项目；负责对深圳及珠三角地区的产业项目向连云港地区转移。

四、  宣传及公益事业部：由分管常务副会长负责， 策划和组织本会的各项活动工作。负责邀请新闻界人员参加的落实和对外宣传报道工作。做好商会会刊和网站的编辑、更新及管理工作，负责与兄弟商会和异地连云港商会联谊工作；负责本会参与政府或社会正式机构号召慈善捐款等公益活动的组织。

五、  法律援助部：由常务副会长和专职律师负责，受理会员咨询及投诉事务的处理；协调解决会员的经济纠纷，维护会员的合法权益，为会员企业推荐法律顾问，不定期组织会员学习有关法律、法规讲座。 

六、  会员部：由常务副会长兼秘书长负责，负责会员的日常联络及会员发展工作，负责组织会员举办各种活动，为会员提供交流机会。负责与各机构联系进行会员讲座、培训计划的制定和组织实施工作。 

七、  财务部：由会长负责 ，在本会会长的直接领导之下，对商会理事会负责，全面负责商会财务的工作，贯彻执行商会理事会的指令，做好日常财务管理工作，负责商会财务部的工作管理和年度经费开支预算、决算报告的审查工作。负责商会组织的会议、活动经费预算和商会下设部门组织的会议、活动经费的预算审核工作，负责组织扩大商会活动经费收入工作和有关服务收费标准的制定、审批工作。按照《社团管理条例》和《深圳市连云港商会章程》等相关制度及时催收会员单位的会费资金的到位和捐款资金的管理。